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/ Software Vault: The Sapphire Collection / Software Vault (Sapphire Collection) (Digital Impact).ISO / cdr16 / med9410e.zip / M94B0817.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-11-11  |  2KB  |  38 lines
  1.        Document 0817
  2.  DOCN  M94B0817
  3.  TI    Nucleotide insertion and primer extension at abasic template sites in
  4.        different sequence contexts.
  5.  DT    9412
  6.  AU    Goodman MF; Cai H; Bloom LB; Eritja R; Department of Biological
  7.        Sciences, University of Southern; California, Los Angeles 90089-1340.
  8.  SO    Ann N Y Acad Sci. 1994 Jul 29;726:132-42; discussion 142-3. Unique
  9.        Identifier : AIDSLINE MED/94379618
  10.  AB    Efficiencies of insertion and extension at a single site-directed abasic
  11.        lesion, X, were measured while varying 5'- and 3'-template bases
  12.        adjacent to X. The preference for insertion was found to be A > G > T
  13.        approximately C, with the upstream (3'-neighboring) template base
  14.        perturbing insertion efficiencies by an order of magnitude or more.
  15.        Efficiencies of synthesis past the abasic lesion depended strongly on
  16.        the downstream (5'-neighboring) template base and on the properties of
  17.        the polymerase. HIV-1 RT favored direct extension of X.A > X.G > X.T >
  18.        X.C, by addition of the next correct nucleotide. However, it was found
  19.        that X.C, least favored for direct extension, was most favored for
  20.        misalignment extension, occurring when the DNA structure in the vicinity
  21.        of the lesion collapsed to realign a primer 3'-C terminus opposite a
  22.        downstream template G site. Polymerase properties have an important role
  23.        in copying abasic lesions. Drosophila DNA polymerase alpha, HIV-1, and
  24.        AMV reverse transcriptases had little difficulty inserting opposite
  25.        abasic lesions, with efficiencies comparable to misinsertions opposite
  26.        normal template bases. However, AMV RT did not extent past the lesion
  27.        using direct or misalignment mechanisms. Wild-type and mutant T4 DNA
  28.        polymerases were used to show that although exonucleolytic proofreading
  29.        inhibits lesion bypass, the presence of a highly active proofreading
  30.        exonuclease is not sufficient to prevent bypass.
  31.  DE    *DNA Damage  *DNA Primers  *DNA Repair  Nucleotides  Support, Non-U.S.
  32.        Gov't  Support, U.S. Gov't, P.H.S.  Templates  JOURNAL ARTICLE  REVIEW
  33.        REVIEW, TUTORIAL
  34.  
  35.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  36.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  37.  
  38.